Kompleks budućeg zavičajnog muzeja će se kao novi kulturni centar sastojati od sanirane i rekonstruirane crkve Sv. Marka i novoplanirane zgrade muzeja.
Oblikovanjem spomenutog kompleksa želi se Muzeju hvarske baštine-novom zavičajnom muzeju dati prostor koji jednakovrijedno tretira prošlost i budućnost. Povijesno arhitektonsko naslijeđe crkve Sv. Marka se valorizira u najvrijednijim elementima, a novom građevinom ne samo da se daje prijeko potreban prostor za sadržaje Muzeja, već se gradu Hvaru pokušava u naslijeđe ostaviti još jedan važan kulturni biljeg.
Nakon temeljite sanacije i restauracije cijelog obuhvata, crkva Sv. Marka je zamišljena, ne samo kao spomenik i nepomično dobro već kao oživljeni prostor, multifunkcionalan i protočan. Novom čeličnom nosivom konstrukcijom oponaša se podjela na tri broda ( element naslijeđa), ali se prostor iščitava kao jedan volumen kako bi funkcionalno potpuno odgovarao djelatnosti muzeja – stalni postav, privremene instalacije i izložbe, predavanja, koncerti, projekcije….Kako bi se povećala površina izložbenog prostora, u bočne brodove se postavljaju galerije , međusobno povezene mostom. Prolazom u sjevernom zidu crkva je povezana s prostorom stalnog postava kako bi se dobila jedinstvenost izložbenog prostora mogućnost tople veze dviju građevina. Novoprojektirana kala između građevina se nastavlja oko crkve sve do ulaza u zvonik koji bi se pretvorio u vidikovac.
Građevina novog muzeja odmaknuta je od crkve Sv. Marka novoprojektiranom kalom kako bi se sačuvao karakter i opstojnost originalnog volumena crkve. Nova kala sa stepenicama se interpretira kao dio naslijeđa urbanizma grada, postaje razdjelnica između novog i starog, a funkcionalno omogućava dostupnost određenim sadržajima muzeja . Postojeća ulazna zelena površina pretvara se u otvoreni popločeni ( kamen ) trg, kao logično proširenje u uličnoj matrici kao bi se omogućilo veće vizualno obuhvaćanje čitavog kompleksa ali i stvaranje predprostora muzeja i crkve, mjesto okupljanja, događanja. Zgrada muzeja sastoji se od prizemlja, prvog i drugog kata, i obuhvaća sadržaje od galerija stalnog postava, galerije za modernu i suvremenu umjetnost, multifunkcionalne dvorane, različite sadržaje za zaposlenike ( radionice, arhive, zbirke, uredi…) te pomoćne prostorije.Krov je kosi, ozelenjen autohtonim, maximalno samoodrživim raslinjem te svojom konfiguracijom pokušava oživiti prostornu memoriju starih kaskadnih polja.